Hoewel de Adriatische Zee het niet haalt bij andere, uitgesproken exotische bestemmingen als de Rode Zee of de Maladiven, wordt er in Kroatië elk jaar meer gedoken door toeristen met een passie voor de onderwaterwereld. Wie tijdens zijn vakantie in Kroatië wil gaan duiken, moet in het bezit zijn van een speciale vergunning, die verkrijgbaar is bij duikclubs en bevoegde toeristenbureaus. Deze vergunning is een jaar geldig. De vergunning wordt alleen verstrekt aan mensen die gekwalificeerd zijn om te duiken volgens de normen van één van de internationaal erkende duikorganisaties (BSAC, CMAS, IANTD, NAUI, PADI, SSI). Een tijdelijk duikbrevet volstaat niet.
Duiken is op de meeste plaatsen toegestaan, al zijn er ook gebieden waar een expliciet verbod geldt, zoals natuurreservaten en militaire zones. In sommige gebieden mag alleen worden gedoken met speciale toestemming, die van tevoren moet worden aangevraagd. Gebieden waar duiken verboden is zijn de natuurparken Krk en Brijuni, de natuurreservaten in de Baai van Ston en de Lemski-zeearm, het Telašcica-park, havens, gebieden met druk scheepsverkeer en alle gebieden binnen een straal van 100 meter rond militaire schepen en installaties.
Gebieden waarvoor speciale toestemming is vereist zijn het Nationaal Park Kornati en de eilanden Mljet, Vis, Biševo, Svetac, Brisnik, Sušac, Kopiste, Lastovo, Donji Skoji en Vrhovnjaci. Het gebruik van foto- of videocamera’s onder water is overal toegestaan, behalve bij archeologische overblijfselen. Hiervoor moet toestemming worden gevraagd bij het ministerie van Cultuur.